ご指摘のように過去40年間の世界的な金利低下によって債券投資環境は激変し、現在は債券市場全体が異常なほどの低金利状態にあります。
次回お話しさせて頂く内容と重複しますが、債券利回りが高い水準にあるところで投資を開始すれば、多くのインカムゲイン^※１を得ることができ、更にその水準から利回りが低下すれば、キャピタルゲイン^※２も得ることができます。一方で、債券利回りが低い水準にあるところで投資開始すれば、インカムゲインは少ないうえに、利回りが上昇すればキャピタルロス^※３が発生することになります。
こうした環境下では、債券利回りからコストを差し引くと、利回りがマイナスとなってしまうものもあります。コスト控除後の利回りがマイナスということは、利回りが更に低下してキャピタルゲインが発生するか、為替リスクをとっていて為替のリターンがプラスになる、等のインカムゲイン以外のリターンが発生しない限り、リターンがマイナスになることを意味します。
十把一絡げに債券ファンドと言いましても、その種類は多種多様ですが、投資する際には、コスト控除後の利回りを確認することと、そのコスト控除後の利回りがリスクに見合うものなのかの検討することを忘れず行う必要があるでしょう。

※１インカムゲイン：資産を保有することで安定的・継続的に受け取ることのできる収益。株式の配当金や債券の利息など。
※２キャピタルゲイン：保有している資産の価格が値上がりすることによって得られる収益（リターン）。
※３キャピタルロス：保有している資産の価格が値下がりし、そこで売却した際に発生する損失。

少し難しい話になってしまいますが、物価の変動というのは常に起こっていて、更にその変動率自体、つまり物価変動率自体が上下動をしています。この物価の変動率をお金のリターンが下回ると、お金の価値が減ってしまうことになります。
例えば、100年前の初任給の20円を20円のままとっておくと「額面元本」は保たれていますが、初任給が20万円となった現在、当時の20円は現在の20万円になっていなければ「価値元本」は保たれていないことになります。この「価値元本」を減らさないためには、コストとインフレ率を控除した後のリターンをマイナスにしないことが必要です。一方で、コストとインフレ率控除後の利回り、あるいはリターンがマイナスになった瞬間、ただちに売却すべきかと問われれば、それはやや早まり過ぎのように思います。むしろ先の見通しが重要で、これからの先の運用期間中、これから10年、これから20年、といった期間で、コストとインフレ率控除後の利回りがプラスになるだろうかという検討が必要です。これから10年、これから20年といった期間で、物価とお金の増えるスピードで競争をしていると考えると分かりやすいのではないでしょうか。